སངས་རྒྱས་ཆོས་དང་ཚོགས་ཀྱི་མཆོག་རྣམས་ལ།
བྱང་ཆུབ་བར་དུ་བདག་ནི་སྐྱབས་སུ་མཆི།
བདག་གིས་སྦྱིན་སོགས་བགྱིས་པའི་བསོད་ནམས་ཀྱིས།
འགྲོ་ལ་ཕན་ཕྱིར་སངས་རྒྱས་འགྲྲུབ་པར་ཤོག།།
It seems that the first line is abbreviated –
སངས་རྒྱས་ཆོས་དང་ཚོགས་ཀྱི་མཆོག་རྣམས་ལ།
སངས་རྒྱས : sang gye : Buddha
ཆོས : chö : Dharma
དང : dang : and
ཚོགས : tshog : assembly
ཀྱི་མཆོག : kyi chog : supreme
ཚོགས་ཀྱི་མཆོག : Supreme Assembly, Noble Sangha
རྣམས་ལ : nam la : to all
The first two lines of Atisha’s refuge prayer are one sentence (I’m not sure if this is grammatically correct but it is semantically correct). This first line sets up refuge and the next line completes it.